Mối quan hệ giữa vi sinh vật, hệ vi sinh vật ở người, chế độ ăn uống và an toàn thực phẩm đã đóng một vai trò quan trọng trong sự phát triển của ngành công nghiệp thực phẩm hiện đại với rất nhiều sự lựa chọn và đa dạng cũng như từ đó đưa ra những cải thiện cho chất lượng cuộc sống của chúng ta.

Vi khuẩn đã được sử dụng trong việc sản xuất các loại thực phẩm và đồ uống khác nhau trong chế độ ăn uống của con người suốt hàng nghìn năm qua. ​

Mặc dù chúng ta đã sử dụng vi sinh vật để sản xuất, bảo quản và lên men thực phẩm trong một thời gian dài, nhưng sự khởi đầu cho quá trình này lại chưa được ghi lại chính xác.

Có thể nói sự phát triển của ngành này là cả một quá trình được xây dựng dần dần dựa trên việc quan sát cả quá trình tự nhiên lẫn những thử nghiệm.

Có thể kể đến một số ứng dụng cụ thể của vi sinh vật trong ngành công nghiệp thực phẩm ngày nay. Nấm men, bao gồm Saccharomyces cerevisiae, được sử dụng để làm men bánh mì cũng như trong quá trình lên men đồ uống có cồn.

Một số vi khuẩn, bao gồm vi khuẩn axit lactic, được sử dụng để sản xuất sữa chua, pho mát và dưa chua.

Một số loại pho mát (pho mát xanh, Stilton, Gorgonzola, v.v.) sử dụng khuôn để hỗ trợ quá trình chín và cung cấp hương vị đặc trưng.

Các ứng dụng khác bao gồm sản xuất axit xitric từ nấm, bổ sung chế phẩm sinh học trong sữa chua, đồ uống và sản xuất giấm.

Hiện có hơn 3500 loại thực phẩm lên men truyền thống trên thế giới.

Cũng như đồ uống có cồn, hạt cà phê, ngũ cốc và lá trà được lên men sau khi thu hoạch để phát triển hương vị.

Đồ uống như kombucha và đồ uống không cồn khác cũng được bày bán rộng rãi trên thị trường. Có một số khác biệt về mặt địa lý trong việc tiêu thụ thực phẩm lên men.

Cũng như pho mát và bánh mì, thực phẩm lên men từ khoai mì rất phổ biến ở châu Phi, trong khi cá và các sản phẩm đậu nành lên men được tiêu thụ ở châu Á ở châu Á mỗi ngày.

Việc áp dụng các tiêu chuẩn vi sinh vào ngành công nghiệp thực phẩm đã gia tăng qua thời gian, với sự ban hành nhiều luật lệ và sự phát triển của các quy trình đảm bảo an toàn thực phẩm trong nhiều thập kỷ qua.

Dưới đây là danh sách các vi sinh vật hữu ích được sử dụng trong chế biến thực phẩm và đồ uống

Tên khoa họcPhân loạiỨng dụng
Acetobacter acetiVi khuẩnchocolate, giấm
Acetobacter cerevisiaeVi khuẩnbia
Acetobacter fabarumVi khuẩnchocolate, coffee
Acetobacter lovaniensisVi khuẩnvegetable pickle
Acetobacter malorumVi khuẩngiấm
Acetobacter orientalisVi khuẩndưa muối
Acetobacter pasteurianusVi khuẩnchocolate, giấm
Acetobacter pomorumVi khuẩngiấm
Acetobacter syzygiiVi khuẩnchocolate, giấm
Acetobacter tropicalisVi khuẩnchocolate, coffee
Arthrobacter arilaitensisVi khuẩnphô mai (đã chín)
Arthrobacter bergereiVi khuẩnphô mai (đã chín)
Arthrobacter globiformisVi khuẩnphô mai (đã chín)
Arthrobacter nicotianaeVi khuẩnphô mai (đã chín)
pho mát (Tilsit)
Arthrobacter variabilisVi khuẩnphô mai (đã chín)
Aspergillus acidusNấmtrà
Aspergillus nigerNấmrượu awamori
Aspergillus fumigatusNấmchocolate
Aspergillus oryzaeNấmmiso đậu nành
rượu sake
xì dầu
Aspergillus sojaeNấmmiso đậu nành
xì dầu
Bacillus cereusVi khuẩnchocolate
Bacillus coagulansVi khuẩnchocolate
Bacillus licheniformisVi khuẩnchocolate
Bacillus pumilusVi khuẩnchocolate
Bacillus sphaericusVi khuẩnđậu phụ thối
Bacillus stearothermophilusVi khuẩnchocolate
Bacillus subtilisVi khuẩnchocolate
natto đậu nành
Bifidobacterium adolescentisVi khuẩnsữa chua
Bifidobacterium animalisVi khuẩnsữa
Bifidobacterium bifidumVi khuẩnsữa
Bifidobacterium breveVi khuẩnsữa, đậu nành
Bifidobacterium infantisVi khuẩnsữa
Bifidobacterium lactisVi khuẩnsữa
Bifidobacterium longumVi khuẩnsữa
Bifidobacterium pseudolongumVi khuẩnsữa
Bifidobacterium thermophilumVi khuẩnsữa
Brachybacterium alimentariumVi khuẩnpho mát (Beaufort)
pho mát (Gruyère)
Brachybacterium tyrofermentansVi khuẩnpho mát (Beaufort)
pho mát (Gruyère)
Brevibacterium aurantiacumVi khuẩnphô mai
Brevibacterium caseiVi khuẩnphô mai (đã chín)
Brevibacterium linensVi khuẩnphô mai (đã chín)
Candida colliculosaNấmphô mai
sữa kefir
Candida exiguusNấmbánh mì (bột chua)
Candida humicolaNấmchocolate
Candida kefyrNấmphô mai (chín bề mặt)
Candida kruseiNấmphô mai (chín bề mặt)
Candida milleriNấmbánh mì (bột chua)
Candida mycodermaNấmphô mai (Limburger)
Candida pelliculosaNấmchocolate
Candida rugosaNấmchocolate
Candida tropicalisNấmchocolate
Candida utilisNấmcheese
Candida validaNấmbánh mì (bột chua)
Candida viniNấmcheese (Reblochon)
rượu vang
Candida zeylanoidesNấmcheese (Reblochon)
Carnobacterium divergensVi khuẩncheese
fish
meat
Carnobacterium maltaromaticumVi khuẩnsữa
Carnobacterium piscicolaVi khuẩnmeat
Corynebacterium ammoniagenesVi khuẩncheese
Corynebacterium caseiVi khuẩncheese (smear-ripened)
Corynebacterium flavescensVi khuẩncheese
Corynebacterium mooreparkenseVi khuẩncheese (smear-ripened)
Corynebacterium variabileVi khuẩncheese
Cyberlindnera mrakiiNấmrượu vang
Cystofilobasidium infirmominiatumNấmcheese
Debaryomyces hanseniiNấmcheese (smear-ripened)
cheese (Reblochon)
Debaryomyces kloeckeriNấmcheese (Limburger)
Enterococcus faecalisVi khuẩncheese
kem sữa
thịt giăm bông
miso đậu nành
dưa muối
xúc xích thịt
xì dầu
Enterococcus faeciumVi khuẩncheese (Manchego)
thịt giăm bông
miso đậu nành
dưa muối
xì dầu
Fusarium domesticumNấmcheese
Geotrichum candidumNấmcheese
Gluconacetobacter azotocaptansVi khuẩnchocolate, coffee
Gluconacetobacter diazotrophicusVi khuẩnchocolate, coffee
Gluconacetobacter entaniiVi khuẩngiấm
Gluconacetobacter europaeusVi khuẩngiấm
Gluconacetobacter hanseniiVi khuẩngiấm
Gluconacetobacter johannaeVi khuẩnchocolate, coffee
Gluconacetobacter oboediensVi khuẩngiấm
Gluconacetobacter xylinusVi khuẩngiấm
Gluconobacter oxydansVi khuẩnchocolate
Hafnia alveiVi khuẩncheese
Halomonas elongataVi khuẩnmeat
Issatchenkia orientalisNấmsữa kefir
Kazachstania exiguaNấmsữa kefir
Kazachstania unisporaNấmsữa kefir
Kloeckera africanaNấmchocolate
Kloeckera apisNấmchocolate
Kloeckera javanicaNấmchocolate
Kluyveromyces lactisNấmcheese
Kluyveromyces marxianusNấmcheese, chocolate
Kocuria rhizophilaVi khuẩncheese
meat
Kocuria variansVi khuẩnsữa
xúc xích thịt
Komagataeibacter xylinusVi khuẩnthạch dừa
Lactobacillus acetotoleransVi khuẩnhoa quả lên men
bánh mì (bột chua)
dưa muối
Lactobacillus acidipiscisVi khuẩnsữa
cá, hải sản
Lactobacillus acidophilusVi khuẩnrau củ quả
sữa chua
Lactobacillus alimentariusVi khuẩncá, hải sản
thịt
Lactobacillus brevisVi khuẩncheese (Canestrato Pugliese)
dưa muối
Lactobacillus brevis ssp. linensVi khuẩnsữa kefir
Lactobacillus bucheriVi khuẩnbánh mì
rượu vang
Lactobacillus cacaonumVi khuẩnchocolate
Lactobacillus caseiVi khuẩncheese (Idiazabal)
cheese (Manchego)
cheese (Roncal)
sữa chua
Lactobacillus casei ssp. pseudoplantarumVi khuẩncheese (Grana Padano)
cheese (Parmigiano-Reggiano)
Lactobacillus cellobiosusVi khuẩnchocolate
Lactobacillus collinoidesVi khuẩnrượu táo
Lactobacillus compostiVi khuẩnrượu shōchū
Lactobacillus coryniformisVi khuẩncheese
Lactobacillus crispatusVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus curvatusVi khuẩncheese (Cacio di Fossa)
cheese (Canestrato Pugliese)
cheese (Pecorino Romano)
cheese (Pecorino Sardo)
xúc xích thịt
Lactobacillus delbrueckiiVi khuẩncheese
Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricusVi khuẩnsữa chua
Lactobacillus delbrueckii ssp. lactisVi khuẩncheese (Pecorino Romano)
Lactobacillus dextrinicusVi khuẩnthịt
Lactobacillus diolivoransVi khuẩnrượu chicha
Lactobacillus fabifermentansVi khuẩnchocolate
Lactobacillus farciminisVi khuẩncá, hải sản
đậu nành
Lactobacillus fermentumVi khuẩnchocolate
cheese (Pecorino Romano)
bánh mì (bột chua)
Lactobacillus gasseriVi khuẩnsữa
bánh mì (bột chua)
Lactobacillus ghanensisVi khuẩnchocolate
Lactobacillus hammesiiVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus harbinensisVi khuẩnrau củ quả
Lactobacillus helveticusVi khuẩncheese (Emmental)
rau củ quả
Lactobacillus hilgardiiVi khuẩnchocolate
rượu vang
Lactobacillus homohiochiiVi khuẩnrượu sake
bánh mì (bột chua)
Lactobacillus jenseniiVi khuẩnbánh mì
Lactobacillus johnsoniiVi khuẩnsữa
bánh mì (bột chua)
Lactobacillus kefiranofaciensVi khuẩnsữa kefir
Lactobacillus kefiriVi khuẩnsữa kefir
Lactobacillus kimchiiVi khuẩnkimchi muối
Lactobacillus kisonensisVi khuẩndưa muối
Lactobacillus kunkeeiVi khuẩnrượu vang
Lactobacillus maliVi khuẩnrượu táo
rượu vang
rượu rum
Lactobacillus manihotivoransVi khuẩnrượu sắn
Lactobacillus mindensisVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus mucosaeVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus nageliiVi khuẩnrượu vang
Lactobacillus namuresisVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus nantesisVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus nodensisVi khuẩnsữa
Lactobacillus oeniVi khuẩnrượu vang
Lactobacillus otakiensisVi khuẩndưa muối
Lactobacillus panisVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus parabrevisVi khuẩncheese
sữa kefir
bánh mì (bột chua)
rau củ quả
Lactobacillus parabuchneriVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus paracaseiVi khuẩnsữa
thịt
Lactobacillus paracasei ssp. paracaseiVi khuẩncheese (Cacio di Fossa)
cheese (Canestrato Pugliese)
cheese (Pecorino Sardo)
Lactobacillus parakefiriVi khuẩnsữa kefir
Lactobacillus paralimentariusVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus paraplantarumVi khuẩncheese
rau củ quả
Lactobacillus pentosusVi khuẩncheese (Canestrato Pugliese)
sản phẩm từ cá
hoa quả lên men
rượu vang
Lactobacillus perolensVi khuẩncheese
rau củ quả
Lactobacillus plantarumVi khuẩncheese (Canestrato Pugliese)
chocolate
cheese (Idiazabal)
cheese (Manchego)
cheese (Pecorino Romano)
cheese (Roncal)
xúc xích thịt
rau củ quả
Lactobacillus pobuzihiiVi khuẩnhoa quả lên men
Lactobacillus pontisVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus rapiVi khuẩndưa muối
rau củ quả
Lactobacillus reuteriVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus rhamnosusVi khuẩncheese (Grana Padano)
cheese (Parmigiano-Reggiano)
thịt
rau củ quả
Lactobacillus rossiaeVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus sakeiVi khuẩnrượu sake
xúc xích thịt
Lactobacillus salivariusVi khuẩnsữa
Lactobacillus sanfranciscensisVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus satsumensisVi khuẩnrượu shōchū
Lactobacillus secaliphilusVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus senmaizukeiVi khuẩndưa muối
Lactobacillus siliginisVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus similisVi khuẩnrượu rum
Lactobacillus spicheriVi khuẩnbánh mì (bột chua)
Lactobacillus suebicusVi khuẩnhoa quả lên men
Lactobacillus spp.Vi khuẩnbơ sữa
Lactobacillus spp.Vi khuẩnrau củ quả
olive
Lactobacillus sunkiiVi khuẩndưa muối
Lactobacillus tuccetiVi khuẩnsữa
xúc xích thịt
Lactobacillus vaccinostercusVi khuẩnhoa quả lên men
rau củ quả
Lactobacillus versmoldesisVi khuẩnxúc xích thịt
Lactobacillus yamanashiensisVi khuẩnrượu táo
rượu vang
Lactococcus lactisVi khuẩnbơ sữa
chocolate
Lactococcus lactis ssp. cremorisVi khuẩnphô mai (Cheddar)
Lactococcus lactis ssp. lactisVi khuẩnphô mai
Lactococcus raffinolactisVi khuẩnphô mai
Lactococcus spp.Vi khuẩnbơ sữa
Lecanicillium lecaniiNấmphô mai
Leuconostoc carnosumVi khuẩnthịt
Leuconostoc citreumVi khuẩnphô mai
sản phẩm từ cá
Leuconostoc fallaxVi khuẩndưa cải bắp
Leuconostoc holzapfeliiVi khuẩncoffee
Leuconostoc inhaeVi khuẩnkim chi
Leuconostoc kimchiiVi khuẩnkim chi
Leuconostoc lactisVi khuẩnphô mai
Leuconostoc mesenteroidesVi khuẩnchocolate
rau củ quả
Leuconostoc mesenteroides ssp. cremorisVi khuẩnphô mai
rau củ quả
Leuconostoc mesenteroides ssp. dextranicumVi khuẩnbơ sữa
phô mai (Idiazabal)
phô mai (Roncal)
dưa muối
Leuconostoc mesenteroides ssp. mesenteroidesVi khuẩnphô mai (Idiazabal)
phô mai (Roncal)
Leuconostoc palmaeVi khuẩnrượu cọ
rượu vang
Leuconostoc pseudomesenteroidesVi khuẩnsữa
bơ sữa
sữa chua
cream
Leuconostoc spp.Vi khuẩnbơ sữa
rau củ quả
olive
rượu vang
Macrococcus caseolyticusVi khuẩncheese
xúc xích thịt
Microbacterium foliorumVi khuẩnphô mai (chín bề mặt)
Microbacterium gubbeenenseVi khuẩnphô mai (Limburger)
phô mai (đã chín)
phô mai (Tilsit)
Micrococcus luteusVi khuẩnphô mai
Micrococcus lylaeVi khuẩnxúc xích thịt
Mucor hiemalisNấmsữa đậu nành
Mucor plumbeusNấmphô mai
Mucor racemosusNấmphô mai
chocolate
Neurospora intermediaNấmđậu nành oncom
Oenococcus oeniVi khuẩnrượu vang
Pediococcus acidilacticiVi khuẩnxúc xích thịt
rau củ quả
Pediococcus pentosaceusVi khuẩnxúc xích thịt
Penicillium albumNấmpho mát (trang trại)
Penicillium camembertiNấmphô mai
Penicillium caseifulvumNấmphô mai
Penicillium chrysogenumNấmphô mai, xúc xích thịt
Penicillium communeNấmphô mai (chín bề mặt)
Penicillium nalgiovenseNấmphô mai
thịt dăm bông
xúc xích thịt
Penicillium roquefortiNấmphô mai
Penicillium solitumNấmthịt
Pichia fermentansNấm mensữa, kefir
rượu vang
Propionibacterium acidipropioniciVi khuẩnphô mai
Propionibacterium freudenreichii ssp. freudenreichiiVi khuẩnsữa
Propionibacterium freudenreichii ssp. shermaniiVi khuẩnphô mai (Emmental)
Propionibacterium jenseniiVi khuẩnphô mai
Propionibacterium thoeniiVi khuẩnphô mai
Proteus vulgarisVi khuẩnphô mai (chín bề mặt)
Pseudomonas fluorescensVi khuẩnsữa chua
Psychrobacter celerVi khuẩnphô mai
Rhizopus microsporus ssp. oligosporusNấmoncom đậu nành
tempeh đậu nành
Rhodosporidium infirmominiatumNấmphô mai
Rhodotorula glutinisNấmchocolate
Rhodotorula minutaNấmphô mai (đã chín)
Rhodotorula rubraNấmchocolate
Saccharomyces bayanusNấm menbia
rượu táo
rượu vang
Saccharomyces carlsbergensisNấm menbia (lager)
Saccharomyces cerevisiaeNấm menbia
bánh mì
rượu táo
phô mai
chocolate
Saccharomyces pastorianusNấm menbia (lager)
Saccharomyces rouziiNấm menmiso đậu nành
Saccharomyces uvarumNấm menbia (lager)
Staphylococcus carnosusVi khuẩnphô mai
Staphylococcus carnosus ssp. carnosusVi khuẩnxúc xích thịt
Staphylococcus condimentiVi khuẩnđậu nành
Staphylococcus equorumVi khuẩnthịt
Staphylococcus equorum ssp. linensVi khuẩnphô mai
Staphylococcus fleurettiiVi khuẩnphô mai
Staphylococcus piscifermentansVi khuẩnsản phẩm từ cá
Staphylococcus saphrophyticusVi khuẩnpho mát (Harzer)
Staphylococcus sciuri ssp. carnaticusVi khuẩnphô mai
Staphylococcus simulansVi khuẩnxúc xích thịt
Staphylococcus succinusVi khuẩnsữa, thịt
Staphylococcus vitulinusVi khuẩnphô mai, thịt
Staphylococcus warneriVi khuẩnthịt
Staphylococcus xylosusVi khuẩnphô mai
xúc xích thịt
Streptococcus gallolyticusVi khuẩnsữa
Streptococcus salivariusVi khuẩnsữa chua
Streptococcus thermophilusVi khuẩnphô mai
sữa chua
Streptomyces griseusXạ khuẩnthịt
Streptomyces mobaraensisXạ khuẩnthịt, sản phẩm từ cá
Tetragenococcus halophilusVi khuẩnmiso đậu nành
xì dầu
Tetragenococcus koreensisVi khuẩnrau củ quả
kim chi
Torulaspora delbrueckiiNấmphô mai (đã chín)
Torulopsis versatilisNấmmiso đậu nành
Thrichosporon beigeliiNấmphô mai (đã chín)
Verticillium lecaniiNấmpho mát (Tomme)
Weissella beninensisVi khuẩnrượu sắn
Weissella cibariaVi khuẩnrau củ quả
kim chi
Weissella fabariaVi khuẩnchocolate
Weissella ghanesisVi khuẩnchocolate
Weissella koreensisVi khuẩnrau củ quả
kim chi
Weissella paramesenteroidesVi khuẩnxúc xích thịt
Weissella thailandensisVi khuẩnsản phẩm từ cá
Yarrowia lipolyticaNấmpho mát (Raclette)
phô mai (đã chín)
sữa
Zygotorulaspora florentinaNấmkefir
Zymomonas mobilisVi khuẩnrượu cọ
rượu vang
rượu Pulque (Mexico)

Xem thêm chủng giống vi sinh vật chuẩn khác:

*** Tên chủng vi sinh vật chỉ có giá trị tham khảo.
Không phải là chủng dành cho sản xuất ***